爱尔眼科医院集团共10家GCP机构，先后于2017年5月至2019年10月通过国家药品监督管理局（NMPA） 资质认定，获得“国家药物临床试验机构”，认定专业为眼科，分别为武汉爱尔眼科医院、长沙爱尔眼科医院、广州爱尔眼科医院、辽宁爱尔眼科医院、武汉爱尔眼科汉口医院、北京爱尔英智眼科医院、成都爱尔眼科医院、重庆爱尔眼科医院、上海爱尔眼科医院、深圳爱尔眼科医院。后依据国家政策要求又在NMPA进行了药物及医疗器械临床试验机构备案， 现均可开展眼科药物II~IV期、眼科医疗器械临床试验。2024年，新增备案山西爱尔眼科医院、甘肃眼视光眼科医院2家GCP机构。目前承接眼科GCP项目300+项，具有丰富的眼科临床试验经验。此外， 博鳌爱尔眼科医院是爱尔首家国际临床研究基地，可开展高端特许药械医疗服务、真实世界临床研究。